Tras realizar un estudio de proteómica sobre envejecimiento en humano, hemos detectado un grupo de 11 proteínas con intensidad diferencial significativa entre varios grupos experimentales.

Queremos caracterizar funcionalmente esta lista de proteínas. Hay varias estrategias y una de ellas se basa en las redes de interacción proteína-proteína. Si detectamos un alto nivel de interacción, estaríamos confirmando una relación funcional entre ellas.

Este enriquecimiento funcional nos proporcionará una información adicional que permitirá una mejor comprensión de los procesos en los que están participando.

Caracterizar funcionalmente un grupo de proteínas de interés procedentes de un estudio de proteómica sobre envejecimiento.

El archivo ageing incluye las 11 proteínas que aparecen con una diferencia de expresión entre los grupos experimentales que hemos comparado.

1. Desde un navegador, accedemos a la herramienta web STRING y le echamos un vistazo a los disntintos menús que aparecen, especialmente al menú de “ayuda”.
2. Selecciona el menú “Search” y en “Multiple proteins” aparecerán varias ventanas de diálogo:
   • Pega las 11 proteínas del fichero “ageing.txt”
   • Indica que el organismo es humano
   • Esa red nos está esperando: pulsamos “Search”

1. ¿Qué te parece la red obtenida? ¿Crees que está muy conectada?
2. ¿Por qué hay algunas proteínas conectadas y otras no? ¿Qué significan las diferentes líneas que conectan las proteínas? (pista: “legend”).
3. Indica algunos indicadores que describan la red de interacciones proteína-proteína (pista: “analysis”, por ejemplo el número de conexiones, degree, coeficiente de clustering).
4. ¿En qué funciones están participando este grupo de proteínas? ¿Son esperables?
5. ¿Qué proteínas participan en “regulation of apoptotic process”? ¿Y en “base-excision repair”? Por último señala simultáneamente las proteínas que participan en alguna de estas dos funciones o incluso las dos a la vez.
6. Como nos ha gustado mucho esta red, la incluiremos en una publicación que estamos preparando. Exporta la network como un fichero png (pista: “exports”)
7. Determina un gráfico que muestre los niveles de coexpresión de los genes seleccionados a lo largo de diversos experimentos (pista: “viewers / coexpression”).
   • ¿Qué genes se coexpresan en humano? ¿Y en otros organismos?
   • Guarda la imagen, que seguro la incluiremos en un informe que queremos preparar ;)
8. Queremos conocer más proteínas que presenten alta interacción con nuestro grupo inicial. Indícaselo a STRING utilizando la opción “More”. Si quieres volver al escenario inicial (11 proteínas), utiliza “Less”.
9. Nos gustaría disponer de los resultados de este análisis en un enlace, porque así se lo pasaremos directamente a nuestro colaborador. Un enlace a los resultados en la herramienta estaría fenomenal. Por favor, localízalo (pista: “permanent link / short link”).