Aplicaciones NGS en estudios transcriptómicos

Esta práctica incluye varios ejercicios para trabajar con los diferentes módulos de análisis que nos ofrece la suite Babelomics 5.

Desde el navegador Firefox iremos al siguiente enlace: http://babelomics.bioinfo.cipf.es/

• Preprocessing for RNA-Seq and microRNA-Seq
• Expression for RNA-Seq and microRNA-Seq

Para comenzar, os sugerimos que os creéis un usuario en la herramienta, que nos permitirá almacenar los jobs que lancemos y visualizar los resultados en cualquier momento y desde cualquier ubicación.

Los métodos descritos están orientados a datos de RNA-Seq y microRNA-Seq, aunque algunos de ellos son también aplicables a datos procedentes de otras tecnologías o áreas ómicas. (Al final de la práctica se incluyen algunas actividades para ver su funcionamiento).

Si tienes alguna duda o sugerencia sobre el funcionamiento de la herramienta, por favor contáctanos en babelomics@cipf.es

Muchas gracias por vuestro feed-back!

4.1. Análisis de expresión diferencial entre grupos control y tratado con Triiodothyronine
4.2. Detección de patrones de expresión entre pacientes con tumores de riñón y pulmón
4.3. Estudio de biomarcadores en cáncer de pulmón mediante microRNAs

Tras la detección de biomarcadores de interés, nos gustaría conocer qué funciones hay detrás de estos genes o micrornas significativos. Para ello podemos continuar el análisis con las herramientas de caracterización descritas en el apartado de Functional Profiling, donde tendremos la oportunidad de trabajar además de Babelomics con otras herramientas como:

• PANTHER: functional description from Gene Ontology, over-representation methods, GSEA,…
• STRING: Protein-Protein Interaction Networks.
• omiRas: web server for the annotation, comparison and visualization of non-coding RNAs.
• miRNet: an integrated platform linking miRNAs, targets & functions.
• mirPath v.3: a miRNA pathway analysis web-server.