Existen varios métodos de enriquecimiento funcional. Desde la herramienta web PANTHER realizaremos varios abordajes para conocer las funciones en las que están participando nuestra lista de genes de interés.

Caracterizar funcionalmente un grupo de genes de interés, asociados a la enfermedad neurodegenerativa Charcot-Marie-Tooth.

Disponemos de 56 genes en los que hemos detectado variantes en diferentes sujetos con CMT. Están incluidos en el fichero llamado cmt.txt.

Abre el fichero de datos “cmt.txt” con un bloc de notas o similar e inspecciona su contenido.

• Paso 1. Desde el home de la herramienta nos dirigimos a la pestaña “Gene List Analysis”. Sube este fichero txt o bien copia los ids de los genes en la ventana indicada para ello.
• Paso 2. Seleccionamos el organismo. En este caso “homo sapiens”.
• Paso 3. Escogemos el tipo de análisis. A continuación revisamos todas las opciones disponibles:

• Empezaremos con una descripción de las funciones anotadas (términos GO, pathways de señalización) a estos genes y para ello utilizaremos estas dos opciones: “Functional classification viewed in gene list” y “Functional classification viewed in graphics charts” que nos proporcionará respectivamente la lista y el resumen gráfico de funciones asociadas a este grupo de genes.

• Necesitamos:
  1. Tras obtener la lista de la clasificación funcional de estos genes, la guardaremos en un fichero (“Send list to file”)
  2. Desde la opción “Functional classification viewed in graphic charts” obtén un gráfico de barras para cada ontología de la Gene Ontology. La misma información, por favor represéntala desde un “pie chart”.

• Este método nos proporciona las funciones que están sobrerrepresentadas en nuestra lista de genes frente el resto del genoma de referencia.
• Los resultados funcionales caracterizarán los genes incluidos en nuestra lista de interés.
• Nos gustaría:
  1. Realizar un análisis utilizando los PANTHER GO-Slim Biological Process. Los resultados que obtengamos los visualizaremos en un “multiple pie chart”. ¿Hay diferencias funcionales entre el genoma de referencia y nuestro grupo de genes?.
  2. Repite el análisis pero esta vez utilizaremos todos los Biological Process. Comenta los resultados.

1. ¿Qué te parecen las funciones detectadas en la descripción funcional? ¿Generales o específicas?
2. Cuando realizas el análisis de sobrerrepresentación, ¿cómo son las funciones respecto la descripción funcional anterior? ¿Nos informan más específicamente de la actividad funcional de estos genes?