https://bioinfo.cipf.es/WODA19/ 2026-05-05T11:35:19+0200 https://bioinfo.cipf.es/WODA19/ https://bioinfo.cipf.es/WODA19/lib/tpl/prsnl10/images/favicon.ico text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/align_handson?rev=1473951217&do=diff Alignment: Practical session #!/bin/bash #move and create directory cd ~/mda12 mkdir -p mapping # index reference time bwa index resources/ref/human_g1k_v37.chr20.fasta time samtools faidx resources/ref/human_g1k_v37.chr20.fasta # align pair 1 time bwa aln -t 1 -l 40 -k 2 resources/ref/human_g1k_v37.chr20.fasta\ resources/data/test_1.fq >\ mapping/test_1.sai # align pair 2 time bwa aln -t 1 -l 40 -k 2 resources/ref/human_g1k_v37.chr20.fasta\ resources/data/test_2.fq >\ mapping/test_… text/html 2021-06-09T06:45:11+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bbdd?rev=1623213911&do=diff Caracterización funcional En diversos escenarios ómicos disponemos de un grupo de genes de interés procedentes de un análisis transcriptómico, o bien de diferentes estudios genómicos donde hemos encontrado variantes causales de una determinada enfermedad o incluso una selección de genes obtenida tras una revisión bibliográfica. text/html 2018-10-25T14:03:33+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bbdd_ej1?rev=1540469013&do=diff ¿Cómo obtener la anotación funcional desde BioMart? Nos dirigimos a la web de BioMart. * Escogemos la base de datos “Ensembl Genes 93”. * Elegimos el organismo con el que estemos trabajando. * Si quisiéramos restringir la búsqueda a un número de genes determinados (por ejemplo los que estén en un cromosoma específico), lo indicaríamos en text/html 2018-10-24T10:26:51+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bbdd_ej2?rev=1540369611&do=diff Anotación funcional para plantas desde Biomart Ensembl Nos dirigimos a la web de BioMart. * Escogemos la base de datos “Ensembl Plants 41”. * Elegimos el organismo con el que estemos trabajando: Arabidopsis Thaliana. * Si quisiéramos restringir la búsqueda a un número de genes determinados (por ejemplo los que estén en un cromosoma específico), lo indicaríamos en text/html 2017-03-06T17:18:18+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex1?rev=1488817098&do=diff Data description Working plan If we have a clear profile of mutation, we will have to apply these filters on BiERapp to get directly the possible causal mutation. Sometimes we have several interesting profiles of mutations, not only one. For this case we should explore these different scenarios and decide the best prioritization strategy. text/html 2017-03-06T17:18:02+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex2?rev=1488817082&do=diff Data description Working plan If we have a clear profile of mutation, we will have to apply these filters on BiERapp to get directly the possible causal mutation. Sometimes we have several interesting profiles of mutations, not only one. For this case we should explore these different scenarios and decide the best prioritization strategy. text/html 2017-03-06T17:45:53+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex3?rev=1488818753&do=diff Data description Working plan If we have a clear profile of mutation, we will have to apply these filters on BiERapp to get directly the possible causal mutation. Sometimes we have several interesting profiles of mutations, not only one. For this case we should explore these different scenarios and decide the best prioritization strategy. text/html 2017-03-06T17:17:21+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex4?rev=1488817041&do=diff Data description Working plan If we have a clear profile of mutation, we will have to apply these filters on BiERapp to get directly the possible causal mutation. Sometimes we have several interesting profiles of mutations, not only one. For this case we should explore these different scenarios and decide the best prioritization strategy. text/html 2017-03-06T17:17:02+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex5?rev=1488817022&do=diff Data description Working plan If we have a clear profile of mutation, we will have to apply these filters on BiERapp to get directly the possible causal mutation. Sometimes we have several interesting profiles of mutations, not only one. For this case we should explore these different scenarios and decide the best prioritization strategy. text/html 2017-03-06T17:16:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex6?rev=1488816997&do=diff Exercise 6 Data description Working plan If we have a clear profile of mutation, we will have to apply these filters on BiERapp to get directly the possible causal mutation. Sometimes we have several interesting profiles of mutations, not only one. For this case we should explore these different scenarios and decide the best prioritization strategy. text/html 2017-03-06T17:16:01+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex7?rev=1488816961&do=diff Exercise 7 Data description Working plan If we have a clear profile of mutation, we will have to apply these filters on BiERapp to get directly the possible causal mutation. Sometimes we have several interesting profiles of mutations, not only one. For this case we should explore these different scenarios and decide the best prioritization strategy. text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex8?rev=1473951217&do=diff Exercise 8 Data description: cases vs. controls Working plan How many variants do you detect for each scenario? A. Individual filters * Description of variants. How many SNVs, INDELs, MNVs, SVs, CNVs? * Reference for all controls and homozygous variant for all cases. text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex9?rev=1473951217&do=diff Exercise 9 Data description Working plan We have several candidate profiles of mutations to explore: How many variants do you detect for each scenario? A. Individual filters * Description of variants. How many SNVs, INDELs, MNVs, SVs, CNVs? * Recessive heritage text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_ex10?rev=1473951217&do=diff Exercise 10 Data description Working plan We have several candidate profiles of mutations to explore: How many variants do you detect for each scenario? A. Individual filters * Description of variants. How many SNVs, INDELs, MNVs, SVs, CNVs? * Recessive heritage text/html 2017-03-06T07:50:05+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/bierapp_exercises?rev=1488783005&do=diff Prioritization of variants and genes: BiERapp These exercises show how to analyze exome data for different families or groups. Goal is to detect associated mutations to Mendelian disease. Input data is a set of VCF files. Output analysis will be a selection of candidate variants. text/html 2018-10-23T19:18:57+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/biomarkers_arabidopsis?rev=1540315137&do=diff Evaluación de la expresión génica en Arabidopsis bajo condiciones de alta luz Objetivo Detectar marcadores transcriptómicos que caractericen el impacto de condiciones de alta luz en Arabidopsis. Información detallada en la publicación: Early transcriptional defense responses in Arabidopsis cell suspension culture under high-light conditions. Plant Physiol 2011 Jul;156(3):1439-56. PMID: 21531897 text/html 2019-10-16T14:41:00+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/biomarkers_ex1?rev=1571229660&do=diff Actividad 1 El análisis de la expresión génica nos permitirá conocer los niveles de expresión diferentes entre varios grupos de interés, por ejemplo entre enfermos y sanos. Esta información es muy interesante porque nos ayuda a conocer mejor los mecanismos moleculares de una enfermedad, facilitará la detección de biomarcadores, text/html 2018-10-23T15:50:44+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/biomarkers_ex2?rev=1540302644&do=diff Actividad 2. Determinación de biomarcadores en un estudio metabolómico Objetivo Detectar marcadores metabolómicos en pacientes con cáncer de pulmón. Datos Disponemos de 2 grupos de sujetos: 5 pacientes con cáncer de pulmón (LC) y 5 pacientes sanos (CONTROL) en los que se han evaluado el nivel de 22 metabolitos de interés. text/html 2018-10-23T15:31:50+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/biomarkers_ex3?rev=1540301510&do=diff Aplicaciones NGS en estudios transcriptómicos Esta práctica incluye varios ejercicios para trabajar con los diferentes módulos de análisis que nos ofrece la suite Babelomics 5. Desde el navegador Firefox iremos al siguiente enlace: <http://babelomics.bioinfo.cipf.es/> * Preprocessing for RNA-Seq and microRNA-Seq text/html 2018-10-23T16:06:14+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/biomarkers_rnaseq1?rev=1540303574&do=diff Actividad 1. Análisis de datos de RNA-Seq: diferencia de expresión entre grupos Objetivo Queremos conocer mejor los mecanismos moleculares de una determinada enfermedad compleja en la que sabemos que una determinada hormona tiene un papel importante. Para ellos diseñamos un experimento caso-control utilizando RNA-Seq en ratón, donde estamos interesamos en detectar genes diferencialmente expresados entre estos 2 grupos: wild type (WT) y tratados con hormona T3 . text/html 2018-10-23T16:08:33+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/biomarkers_rnaseq2?rev=1540303713&do=diff Actividad 2. Detección de patrones de expresión entre pacientes con tumores de riñón y pulmón Objetivo Detectar genes diferencialmente expresados entre 2 grupos de inviduos en un estudio de cáncer. Datos Disponemos de conteos no normalizados en 29.405 genes para un total de 10 individuos. Estos datos se obtuvieron tras aplicar un análisis primario que incluyó la evaluación de calidad de las secuencias, mapeo y cuantificación de la expresión a nivel de gen. text/html 2018-10-23T16:16:15+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/biomarkers_rnaseq3?rev=1540304175&do=diff Actividad 3. Análisis de datos de microRNA-Seq: Diferencia de expresión entre grupos experimentales Objetivo Detectar biomarcadores de cáncer de pulmón en estudios de miRNAS. Datos Disponemos de conteos normalizados en 849 microRNAs para un total de 30 individuos: 23 enfermos de cáncer de pulmón y 7 sanos. text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/calling_handson?rev=1473951217&do=diff Variant calling and annotation: Practical session #!/bin/bash # Working directory cd ~/mda12/calling # Run program and see options ~/mda12/calling/software/GenomeAnalysisTK-1.4-15-gcd43f01/GenomeAnalysisTK.jar # UnifiedGenotyper ~/mda12/calling/software/GenomeAnalysisTK-1.4-15-gcd43f01/GenomeAnalysisTK.jar\ -T UnifiedGenotyper # Checking the reference head ~/mda12/resources/ref/human_g1k_v37.chr20.fasta head -3000 ~/mda12/resources/ref/human_g1k_v37.chr20.fasta | tail #Checking t… text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/cipf?rev=1473951217&do=diff The Centro de Investigacion Principe Felipe is a research center focused on regenerative medicine and drug discovery. Visit our web page at: <http://www.cipf.es> [Centro de Investigacion Principe Felipe] text/html 2019-10-11T13:02:51+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/contact?rev=1570791771&do=diff Contact <ubb@cipf.es>. Unidad de Bionformática y Bioestadística. Centro de Investigación Príncipe Felipe. Tel: 96 328 96 80, ext.: 2003 Address: C/ Eduardo Primo Yúfera, 3 (Junto al Oceanografico) 46012 Valencia, Spain. See map ---------- <http://bioinfo.cipf.es/ubb> <http://www.cipf.es> ---------- text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/deadlines_and_important_dates?rev=1473951217&do=diff Deadlines and important dates: * Course: Wed, 11/07/2012 (All day) - Thu, 12/07/2012 (All day) text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/equipment?rev=1473951217&do=diff Course Equipment text/html 2018-10-24T06:53:10+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ex_biomarkers?rev=1540356790&do=diff Detección de biomarcadores con datos ómicos * Actividad 1. Detección de dianas terapéuticas mediante un estudio de expresión génica con microarrays * Actividad 2. Determinación de biomarcadores en un estudio metabolómico * Actividad 3. Evaluación de la expresión génica en Arabidopsis bajo condiciones de alta luz * Actividad 4. Estudios de biomarcadores con datos de RNA-Seq * Más actividades text/html 2021-06-08T17:45:35+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ex_ppi?rev=1623167135&do=diff Redes de interacción proteína-proteína Introducción En múltiples investigaciones generamos diferentes de datos ómicos: * un grupo de genes o proteínas de interés procedentes de un estudio transcriptómico o proteómico * un grupo de genes detectados en diversos estudios genómicos, donde hemos encontrado variantes causales de una determinada enfermedad text/html 2019-10-16T14:29:18+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ex_visualization?rev=1571228958&do=diff Visualization of omics data [Presentation] Exercises [Files] Tools: * BoxPlotR (Alternative mirror) * Heatmapper (Instructions) * <http://colorbrewer2.org> Exercise 1 - Introduction We have an Excel file with the expression of 1000 genes in 18 patients with NASH (a liver disease) and we want to plot the distribution of gene expression per patient, by using BoxPlotR. text/html 2019-10-15T12:00:54+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/fp_1?rev=1571133654&do=diff Evaluación funcional del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico Objetivo Caracterizar funcionalmente mediante diferentes estrategias de enriquecimiento (métodos de sobrerrepresentación y GSA), los resultados obtenidos en el análisis de la expresión diferencial del experimento donde utilizamos RNA-Seq en ratón, y en el que estábamos interesamos en detectar genes diferencialmente expresados entre estos 2 grupos: wild type (WT) y tratados con hormona T3. text/html 2018-10-24T19:58:42+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/fp_2?rev=1540403922&do=diff Caracterización funcional de genes asociados a distrofias de retina Existen varios métodos de enriquecimiento funcional. Desde la herramienta web PANTHER realizaremos varios abordajes para conocer las funciones en las que están participando nuestra lista de genes de interés. text/html 2019-10-15T11:07:56+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/fp_3?rev=1571130476&do=diff Evaluación funcional del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico Existen varios métodos de enriquecimiento funcional. Desde la herramienta web PANTHER realizaremos varios abordajes para conocer las funciones en las que están participando nuestra lista de genes de interés. text/html 2018-11-25T19:37:47+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/fp_4?rev=1543171067&do=diff Plan de trabajo En un estudio transcriptómico con datos de RNA-Seq disponíamos de dos grupos experimentales: casos y controles. Tras realizar el análisis de expresión diferencial obtuvimos los siguientes resultados que te puedes descargar en este text/html 2019-10-15T11:42:25+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/fp_r1?rev=1571132545&do=diff Plan de trabajo Seguimos con el ejemplo “Evaluación funcional del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico con datos de RNA-Seq”. En este caso realizaremos una caracterización funcional con un método GSA utilizando R. En esta [carpeta comprimida:] encontrarás text/html 2018-11-28T14:37:06+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/fp_r2?rev=1543412226&do=diff El paquete clusterProfiler de Bionconductor ofrece diversas funciones para abordar análisis de sobrerrepresentación y GSEA con distintas anotaciones funcionales. Utiliza los datos de los ejemplos anteriores para abordar las estrategicas de caracterización que hemos visto durante la sesión. text/html 2018-10-24T06:30:53+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/going_out_in_valencia?rev=1540355453&do=diff Going out in Valencia There are several areas in Valencia with a lot of activity: music, dancing, bars.... To start to know our city, we recommend you: historial center, Russafa or Benimaclet but there are other trendy places! * Every Wednesday there is an interesting auction in text/html 2019-10-14T12:07:00+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/home?rev=1571047620&do=diff ---------- ---------- What is WODA? WODA (Web-based Omics Data Analysis) is a practical course to learn how to perform omics data analysis from webtools. What is this course for? Questions such as How can I find the causative mutation of the disease in this family? or What pathways are activated in my RNA-seq experiment? are becoming more frequent as text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/map?rev=1473951217&do=diff How to arrive See the map to find the CIPF location. text/html 2018-10-23T18:10:02+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/menu?rev=1540311002&do=diff Menú Primero + segundo + postre/café + bebida MIÉRCOLES 24 DE OCTUBRE DE 2018 * Ensalada de temporada * Garbanzos y espinacas * Jamoncitos de pollo a la cazadora * Merluza al horno * Fruta de temporada, natillas caseras y tartas JUEVES 25 DE OCTUBRE DE 2018 text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ngstutorial?rev=1473951217&do=diff Quality Control Preliminaries Software used in this practical: * FastQC: A quality control tool for high-throughput sequencing data. * cutadapt: A tool to remove adapter sequences from high-throughput sequencing data. File formats explored in this practical text/html 2019-10-17T15:28:02+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ppi0?rev=1571318882&do=diff Comenzando a trabajar con STRING * Esta herramienta web es muy útil para conocer las relaciones de conexión proteína-proteína de una o varias proteínas. * Es posible proporcionar diversos identificadores de gen o proteína y de forma automatizada se realizará la evaluación funcional a nivel de proteína. text/html 2019-10-16T15:09:02+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ppi1?rev=1571231342&do=diff Caracterización funcional de proteínas asociadas a envecimiento Tras realizar un estudio de proteómica sobre envejecimiento en humano, hemos detectado un grupo de 11 proteínas con intensidad diferencial significativa entre varios grupos experimentales. text/html 2018-10-27T08:50:41+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ppi2?rev=1540623041&do=diff Genes candidatos en retinitis La secuenciación de exomas es útil en el descubrimiento de nuevas variantes de interés. Tras valorar un determinado número de sujetos, es posible detectar la presencia repetida de algunas de estas variantes en determinadas enfermedades. Estos genes serían unos buenos candidatos en el diseño de un panel de genes orientado al diagnóstico de estas patologías. text/html 2018-11-27T09:20:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ppi3?rev=1543306837&do=diff Evaluación del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico Objetivo Caracterizar funcionalmente mediante una análisis de interacción proteína-proteína, los resultados obtenidos en el análisis de la expresión diferencial del experimento donde utilizamos RNA-Seq en ratón, y en el que estábamos interesamos en detectar genes diferencialmente expresados entre estos 2 grupos: wild type (WT) y tratados con hormona T3. text/html 2018-11-25T19:46:57+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ppi4?rev=1543171617&do=diff Caracterización funcional mediante redes de interacción proteína-proteína en estudio transcriptómico En un estudio transcriptómico con datos de RNA-Seq disponíamos de dos grupos experimentales: casos y controles. Tras realizar el análisis de expresión diferencial obtuvimos los siguientes resultados que te puedes descargar en este text/html 2019-10-16T14:57:30+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/ppi5?rev=1571230650&do=diff Enriquecimiento funcional e Interactoma En la última actualización de STRING nos permite subir una lista de proteínas o genes con valores asociados (como el logFC, por ejemplo) para realizar un enriquecimiento funcional y poder así combinar las redes de interacción proteina-proteina. text/html 2019-10-17T15:29:44+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/program?rev=1571318984&do=diff Wednesday 16 11:00 – 11:15 Registration 11:15 – 11:45 Welcome, course overview and networking Francisco García García * [Overview course] 11:45 – 13:30 Introduction 11:45 – 12:45 Introduction to Biostatistics Marta Hidalgo García * [Introducción a la Bioestadística] 12:45 – 13:30 High throughput technologies and clinical and biological databases text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/sidebar?rev=1473951217&do=diff COURSE * Home * Program * Teachers * Bioinformatics at CIPF LOGISTICS * Contact * Deadlines and important dates * Map * Accomodation * More courses at CIPF text/html 2017-03-08T15:23:17+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/social_dinner?rev=1488982997&do=diff Social dinners 1. Genomics Module * When? Tuesday 7th March 2017 at 21:00. * Where? Delicat restaurant in carrer del Comte d'Almodóvar, 4, 46003 València. It is a cozy restaurant sited in the Ciutat Vella district, in the heart of the old town, near the Virgen's square and the Cathedral. text/html 2018-10-26T07:47:05+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/software_list?rev=1540532825&do=diff Software list Clinical and biological databases: * Ensembl (<https://www.ensembl.org/index.html>) * Ciberer Spanish Variant Server (<http://csvs.babelomics.org/>) * Gene Expression Omnibus (<https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/>) Visualization: * BoxPlotR (<http://boxplot.tyerslab.com>) * Heatmapper (<http://heatmapper.ca>) Omics-based biomarkers detection and functional profiling: * text/html 2019-10-16T10:17:22+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/teachers?rev=1571213842&do=diff Teachers * Antonio Jordán Pla, antonio.jordan@uv.es, Dept. Genómica Funcional de Levaduras. Universitat de València * Irene Pérez Díez, ipediez93@gmail.com, Unidad Mixta de Imagen Biomédica FISABIO-CIPF * Raúl Pérez Moraga, raulcl1994@gmail.com, Unidad Mixta de Imagen Biomédica FISABIO-CIPF text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/team_design?rev=1473951217&do=diff Activity 2 Create new user and upload the data * Please create your own user and login with this new user. * Upload the required VCF file in “Default Study” and wait 4-5 min to indexing tool. <http://bioinfo.cipf.es/apps-beta/gda16/team/patients.vcf> * While the file is indexing we will design all the panels. text/html 2016-09-15T16:53:37+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/team_ex1?rev=1473951217&do=diff Activity 1 A. Working plan * Create a new gene panel including variants related Charcot-Marie-Tooth disease. * Upload data for 10 patients to evaluate possible candidate variants (VCF files): (this step is ready for you) * Create a new project + study: CMT. text/html 2017-03-03T13:28:21+0200 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://bioinfo.cipf.es/WODA19/doku.php/team_exercises?rev=1488544101&do=diff TEAM: Targeted Enrichment Analysis and Management These exercises show how to design and analyze panel genes in the clinical context oriented to diagnosis. * Input: one or several VCF files and a panel gene. * Output: different formats of results, including selected variants related to a specific disease.