WODA 2018

fp_r2 - created

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-28T14:37:06+0200

El paquete clusterProfiler de Bionconductor ofrece diversas funciones para abordar análisis de sobrerrepresentación y GSEA con distintas anotaciones funcionales. Utiliza los datos de los ejemplos anteriores para abordar las estrategicas de caracterización que hemos visto durante la sesión.

bbdd - [R]

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-28T14:35:35+0200

Caracterización funcional En diversos escenarios ómicos disponemos de un grupo de genes de interés procedentes de un análisis transcriptómico, o bien de diferentes estudios genómicos donde hemos encontrado variantes causales de una determinada enfermedad o incluso una selección de genes obtenida tras una revisión bibliográfica.

fp_r1 - [Plan de trabajo]

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-28T14:15:51+0200

Plan de trabajo Seguimos con el ejemplo “Evaluación funcional del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico con datos de RNA-Seq”. En este caso realizaremos una caracterización funcional con un método GSEA utilizando R. En esta [carpeta comprimida:] encontrarás

functional_profiling.zip - created

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-28T13:34:23+0200

ex_ppi - [STRING]

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-28T12:52:07+0200

Redes de interacción proteína-proteína Introducción En múltiples investigaciones generamos diferentes de datos ómicos: * un grupo de genes o proteínas de interés procedentes de un estudio transcriptómico o proteómico * un grupo de genes detectados en diversos estudios genómicos, donde hemos encontrado variantes causales de una determinada enfermedad

fp_3

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-27T10:55:55+0200

Evaluación funcional del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico Existen varios métodos de enriquecimiento funcional. Desde la herramienta web PANTHER realizaremos varios abordajes para conocer las funciones en las que están participando nuestra lista de genes de interés.

ppi3 - [Cuestiones]

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-27T09:20:37+0200

Evaluación del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico Objetivo Caracterizar funcionalmente mediante una análisis de interacción proteína-proteína, los resultados obtenidos en el análisis de la expresión diferencial del experimento donde utilizamos RNA-Seq en ratón, y en el que estábamos interesamos en detectar genes diferencialmente expresados entre estos 2 grupos: wild type (WT) y tratados con hormona T3.

ppi4 - [Objetivo]

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-25T19:46:57+0200

Caracterización funcional mediante redes de interacción proteína-proteína en estudio transcriptómico En un estudio transcriptómico con datos de RNA-Seq disponíamos de dos grupos experimentales: casos y controles. Tras realizar el análisis de expresión diferencial obtuvimos los siguientes resultados que te puedes descargar en este

results.zip - created

fgarcia (fgarcia@undisclosed.example.com) — 2018-11-25T19:32:09+0200

visualization_of_omics_data_-_exercises.zip

jfcatala (jfcatala@undisclosed.example.com) — 2018-10-25T20:57:48+0200

retinitis.txt - created

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string1.png - created

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ageing.txt - created

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diffexp_t_results_ranked_t3_vs_wt.txt

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distrofias.txt - created

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