Comenzando a trabajar con STRING

• Esta herramienta web es muy útil para conocer las relaciones de conexión proteína-proteína de una o varias proteínas.
• Es posible proporcionar diversos identificadores de gen o proteína y de forma automatizada se realizará la evaluación funcional a nivel de proteína.
• Nos aproximaremos a la tool con el siguiente ejemplo:

Tenemos especial interés en la proteína CDC15 de Saccharomyces cerevisiae. Nos gustaría conocer qué otras proteínas interaccionan con nuestra candidata.

1. Desde un navegador, accedemos a la herramienta web STRING y le echamos un vistazo a los disntintos menús que aparecen, especialmente al menú de “ayuda”.
2. Selecciona el menú “Search” y en “Protein by name” aparecerán varias ventanas de diálogo:
   • Pego el nombre de mi proteína
   • Indicamos que el organismo es Saccharomyces cerevisiae
   • Esa red nos está esperando: pulsamos “Search”

1. ¿Qué te parece la red obtenida? ¿Crees que está muy conectada?
2. ¿Qué significan las diferentes líneas que conectan las proteínas? (pista: “legend”).
3. Indica algunos indicadores que describan la red de interacciones proteína-proteína (pista: “analysis”, por ejemplo el número de conexiones, degree, coeficiente de clustering).
4. ¿En qué funciones están participando este grupo de proteínas?
5. ¿Qué proteínas participan en “nuclear division”? ¿Y en “cell cycle”? Por último señala simultáneamente las proteínas que participan en alguna de estas dos funciones o incluso las dos a la vez.
6. Como nos ha gustado mucho esta red, la incluiremos en una publicación que estamos preparando. Exporta la network como un fichero png (pista: “exports”)
7. Determina un gráfico que muestre los niveles de coexpresión de los genes seleccionados a lo largo de diversos experimentos (pista: “viewers / coexpression”).
   • ¿Qué genes se coexpresan en nuestro organismo? ¿Y en otros organismos?
   • Guarda la imagen, que seguro la incluiremos en un informe que queremos preparar ;)
8. Queremos conocer más proteínas que presenten alta interacción con nuestro grupo inicial. Indícaselo a STRING utilizando la opción “More”. Si quieres volver al escenario inicial, utiliza “Less”.
9. Nos gustaría disponer de los resultados de este análisis en un enlace, porque así se lo pasaremos directamente a nuestro colaborador. Un enlace a los resultados en la herramienta estaría fenomenal. Por favor, localízalo (pista: “permanent link / short link”).