¿Qué te parece la red obtenida? ¿Crees que está muy conectada?
¿Por qué hay algunos nodos (proteínas) con diferente color? (pista: “legend”)
Indica algunos indicadores que describan la red de interacciones proteína-proteína (pista: “analysis”).
¿En qué funciones están participando este grupo de proteínas? ¿Son esperables?
Como nos ha gustado mucho esta red, la incluiremos en una publicación que estamos preparando. Exporta la network como un fichero png (pista: “exports”)
A veces no nos interesan todas las proteínas de la red. Selecciona las proteínas de alguna subred que te interese especialmente y vuelve a ejecutar el trabajo.
Evalúa el nivel de coexpresión de estos genes:
¿Qué genes se coexpresan en humano? ¿Y en otros organismos?
Guarda la imagen, que seguro la incluiremos en un informe que queremos preparar ;)
Queremos conocer más proteínas que presenten alta interacción con nuestro grupo inicial. Indícaselo a STRING utilizando la opción “More”. Si quieres volver al escenario inicial (128 proteínas), utiliza “Less”.
A continuación repetiremos el mismo proceso con los resultados de la lista bottom y contestaremos las cuestiones anteriores.