Table of Contents


Evaluación funcional del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico

Existen varios métodos de enriquecimiento funcional. Desde la herramienta web PANTHER realizaremos varios abordajes para conocer las funciones en las que están participando nuestra lista de genes de interés.

Objetivo

Caracterizar funcionalmente mediante diferentes estrategias de enriquecimiento (métodos de sobrerrepresentación y GSEA), los resultados obtenidos en el análisis de la expresión diferencial del experimento donde utilizamos RNA-Seq en ratón, y en el que estábamos interesamos en detectar genes diferencialmente expresados entre estos 2 grupos: wild type (WT) y tratados con hormona T3.

Datos

  1. Tras realizar un análisis de expresión diferencial entre dos grupos experimentales, se obtuvieron los siguientes resultados:
    • la lista de los genes top (significativos y con mayor expresión en T3 cuando comparamos T3 vs. WT): 128 genes, top list
    • la lista de los genes bottom (significativos y con mayor expresión en WT cuando comparamos T3 vs. WT): 419 genes, bottom list
    • la lista de todos los genes que participan en el estudio, ordenados por el estadístico de contraste: list of all ranked genes (16271)

Plan de trabajo

Abre el fichero de datos “top list” con un bloc de notas o similar e inspecciona su contenido. Inspecciona también los otros dos ficheros.

Paso 1. Desde el home de la herramienta nos dirigimos a la pestaña “Gene List Analysis”. Sube este fichero txt “top list” o bien copia los ids de los genes en la ventana indicada para ello.

Paso 2. Seleccionamos el organismo. En este caso “mus musculus”.

Paso 3. Escogemos el tipo de análisis. A continuación revisamos todas las opciones disponibles:

3.1. Descripción funcional

3.2. Análisis estadístico: Statistical overrepresentation test

A continuación reproduce los dos puntos anteriores con el fichero “Bottom list”.

3.3. Análisis estadístico: Statistical enrichment test