Existen varios métodos de enriquecimiento funcional. Desde la herramienta web PANTHER realizaremos varios abordajes para conocer las funciones en las que están participando nuestra lista de genes de interés.
Caracterizar funcionalmente mediante diferentes estrategias de enriquecimiento (métodos de sobrerrepresentación y GSEA), los resultados obtenidos en el análisis de la expresión diferencial del experimento donde utilizamos RNA-Seq en ratón, y en el que estábamos interesamos en detectar genes diferencialmente expresados entre estos 2 grupos: wild type (WT) y tratados con hormona T3.
Abre el fichero de datos “top list” con un bloc de notas o similar e inspecciona su contenido. Inspecciona también los otros dos ficheros.
Paso 1. Desde el home de la herramienta nos dirigimos a la pestaña “Gene List Analysis”. Sube este fichero txt “top list” o bien copia los ids de los genes en la ventana indicada para ello.
Paso 2. Seleccionamos el organismo. En este caso “mus musculus”.
Paso 3. Escogemos el tipo de análisis. A continuación revisamos todas las opciones disponibles:
A continuación reproduce los dos puntos anteriores con el fichero “Bottom list”.