En la última actualización de STRING nos permite subir una lista de proteínas o genes con valores asociados (como el logFC, por ejemplo) para realizar un enriquecimiento funcional y poder así combinar las redes de interacción proteina-proteina.

Combinar el Interactoma y el enriquecimiento funcional con datos de RNAseq. Además de explorar los resultados obtenidos.

Tenemos los resultados de expresión diferencial del experimento donde utilizamos RNA-seq de ratón. Los grupos experimentales usados fueron ratones wild type (WT) como control y tratados con hormona T3 como casos. Tenemos la lista de todos los genes con su estadístico de contraste de la expresión diferencial: Lista de genes con estadístico de contraste.

1. Abre el fichero descargado e inspecciona su contenido.
2. Desde cualquier navegador, accedemos a la herramienta web de STRING.
   • Se carga el fichero con la lista de genes.
   • Indica que el organismo es mus musculus.
   • Esa red nos está esperando: pulsamos “Search”.

1. Explora las distintas funciones y rutas enriquecidas, puedes ordenarlas por FDR y enrichment score para tener una visualización mas clara de las listas.
2. ¿Tienen sentido las funciones obtenidas?
3. En el apartado de local STRING network cluster la ordenamos de mayor a menor enrichment score y selecionamos Cholesterol biosynthesis e investiga la red.