Seguimos con el ejemplo “Evaluación funcional del efecto de hormona T3 en estudio transcriptómico con datos de RNA-Seq”. En este caso realizaremos una caracterización funcional con un método GSA utilizando R.

En esta carpeta comprimida: encontrarás

• Script de R para realizar un Gene Set Analysis desde el paquete mdgsa.
• Inputs del análisis:
  • lista de todos los genes que participan en un estudio transcriptómico ordenados por su nivel de expresión diferencial
  • fichero de anotación funcional (gen-función) que descargamos de BioMart de Ensembls ficheros.

Ejecuta el script de R:

• Revisa cómo se ha refinado la anotación descargada de BioMart
• Determina qué funciones están sobre-representadas en cada uno de los dos grupos comparados.