Redes de interacción proteína-proteína

Introducción

En múltiples investigaciones generamos diferentes de datos ómicos:

  • un grupo de genes o proteínas de interés procedentes de un estudio transcriptómico o proteómico
  • un grupo de genes detectados en diversos estudios genómicos, donde hemos encontrado variantes causales de una determinada enfermedad
  • o incluso una selección de genes obtenidos tras una revisión bibliográfica.

Nos gustaría conocer, si estos elementos biológicos, presentan interacción entre proteínas. Esta información nos orientaría sobre el nivel de cooperación funcional existente entre los genes o proteínas de nuestra lista.

Para conseguir esta caracterización funcional, utilizaremos la herramienta web STRING o Snow en la suite Babelomics.

Vamos a familiarizarnos con este tipo de análisis con los siguientes ejercicios:


Actividades

STRING: functional protein association networks

Snow