Caracterizar funcionalmente mediante una análisis de interacción proteína-proteína, los resultados obtenidos en el análisis de la expresión diferencial del experimento donde utilizamos RNA-Seq en ratón, y en el que estábamos interesamos en detectar genes diferencialmente expresados entre estos 2 grupos: wild type (WT) y tratados con hormona T3.

Tras realizar un análisis de expresión diferencial entre dos grupos experimentales, se obtuvieron los siguientes resultados:

• la lista de los genes top (significativos y con mayor expresión en T3 cuando comparamos T3 vs. WT): top list (128 genes)
• la lista de los genes bottom (significativos y con mayor expresión en WT cuando comparamos T3 vs. WT): bottom list (419 genes)

1. Abre ambos ficheros con un bloc de notas o similar e inspecciona su contenido.
2. Desde un navegador, accedemos a la herramienta web STRING.
3. Selecciona el menú “Search” y en “Multiple proteins” aparecerán varias ventanas de diálogo:
   • Carga el fichero con la lista de genes top
   • Indica que el organismo es mus musculus
   • Esa red nos está esperando: pulsamos “Search”

1. ¿Qué te parece la red obtenida? ¿Crees que está muy conectada?
2. ¿Por qué hay algunos nodos (proteínas) con diferente color? (pista: “legend”)
3. Indica algunos indicadores que describan la red de interacciones proteína-proteína (pista: “analysis”).
4. ¿En qué funciones están participando este grupo de proteínas? ¿Son esperables?
5. Como nos ha gustado mucho esta red, la incluiremos en una publicación que estamos preparando. Exporta la network como un fichero png (pista: “exports”)
6. A veces no nos interesan todas las proteínas de la red. Selecciona las proteínas de alguna subred que te interese especialmente y vuelve a ejecutar el trabajo.
7. Evalúa el nivel de coexpresión de estos genes:
   • ¿Qué genes se coexpresan en humano? ¿Y en otros organismos?
   • Guarda la imagen, que seguro la incluiremos en un informe que queremos preparar ;)
8. Queremos conocer más proteínas que presenten alta interacción con nuestro grupo inicial. Indícaselo a STRING utilizando la opción “More”. Si quieres volver al escenario inicial (128 proteínas), utiliza “Less”.
9. A continuación repetiremos el mismo proceso con los resultados de la lista bottom y contestaremos las cuestiones anteriores.