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Evaluación de la expresión génica en Arabidopsis bajo condiciones de alta luz

Objetivo

Detectar marcadores transcriptómicos que caractericen el impacto de condiciones de alta luz en Arabidopsis.

Información detallada en la publicación: Early transcriptional defense responses in Arabidopsis cell suspension culture under high-light conditions. Plant Physiol 2011 Jul;156(3):1439-56. PMID: 21531897

Datos

Disponemos de 3 grupos experimentales: 3 muestras control, 3 muestras sometidas a un nivel de alta luz y 3 muestras que fueron tratados con un nivel bajo de luz (dark).

Los datos proceden de microarrays de expresión de la plataforma Affymetrix y fueron normalizados mediante el método RMA.

Plan de trabajo

  1. Abre el fichero datos con una hoja de cálculo e inspecciona su contenido. Habrá tantas columnas como plantas y tantas filas como genes que queremos valorar.
  2. Sube este fichero txt en Babelomics desde el menú “Upload”. Tendremos que indicar el tipo de dato que subimos: “Data matrix expression”. En este link se describen los diferentes tipos de datos que podemos utilizar en Babelomics: https://github.com/babelomics/babelomics/wiki/Data-types
  3. Tenemos que informar a la herramienta que las primeras 3 muestras son control, las 3 siguientes son “dark” (bajo nivel de luz) y las 3 últimas son “light (alto nivel de luz).. Esta información la incluiremos desde “Processing / Edit your uploaded data”, siguiendo las indicaciones del asistente de este editor. Para ello generamos una variable que llamaremos “Group” y utilizaremos los valores “CONTROL”, “DARK” y “LIGHT” para etiquetar cada uno de los valores. Tras asignar un valor a cada muestra, guardaremos los cambios.
  4. Ahora Babelomics ya conoce el grupo al que pertenece cada planta y seguimos con el siguiente paso: la detección de diferencias de genes entre los distintos grupos.
  5. Si queremos conocer las diferencias de los niveles de expresión entre ambos grupos, utilizaremos la opción “Differential Expression / Microarray /Class Comparison” :
    • Select your data: indicamos a Babelomics que queremos trabajar con el fichero con los datos de arabidopsis.
    • Seleccionamos la variable que establece los grupos (a veces podemos disponer de varias variables) e indicamos los grupos que queremos comparar. Me interesan estas comparaciones, por lo que lanzaré tres jobs desde la suite Babelomics:
      • DARK vs. CONTROL
      • LIGHT vs. CONTROL
      • DARK vs. LIGHT
    • Escogemos el método de comparación “limma”.
    • Asignamos un nombre al job y lo ejecutamos!

Cuestiones

  1. ¿Cuántos marcadores significativos encontramos en cada comparación?
  2. Descarga los archivos con los genes diferencialmente expresados (significativos) y determina el número exacto que intersectan en las tres comparaciones mediante la herramienta Venny.